原产地标记认证注册实施二级管理，三级运作机制：中华人民共和国国家质检总局是全国原产地标记管理工作的主管机关。负责《原产地标记管理规定》的制、修订，原产地标记的注册审批，统一发布原产地标记认证的种类和形式，以及原产地标记管理工作的协调和监督管理。
下设立原产地标记保护工作小组负责：
(1)组织实施《原产地标记管理规定》及其实施办法；(2)根据实际情况对<原产地标记管理规定》进行修改完善；(3)制订、发布原产地标记的形式和种类；(4)受理原产地标记的申报；(5)负责原产地标记的审核和注册；(6)常设机构负责日常工作：原产地标记证书、印章的管理；组织有关专家的评定和评审；对全国原产地标记工作进行调研、检查和督促；受理复议；组织有关各方的协调和配合；培训和宣传。国家质检总局设在全国各地的出入境检验检疫机构负责其辖区内的原产地标记的申请受理、审核、上报注册和监督管理。直辖局下设的分支机构受理辖区内的原产地标记认证注册，组织审核(根据直属局审核组的安排)，报送上一级检验检疫局由其统一上报国家局审批注册。
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