1993年，云南白药集团进行现代企业制度改革，并于当年年底成为云南第一家上市公司。1996年公司实施集团化运作，实现云南白药统一生产计划、统一批准文号、统一商标、统一质量标准、统一销售管理。从此，白药集团从内部制度规范创新开始，奏起了全方位“弃旧迎新”再造百年老店的主旋律。
责权利孵化管理创新据云南白药集团董事长、总裁王明辉介绍，公司分别对158个岗位种类制定了详细的岗位描述，明晰了不同岗位、不同工种的管理人员及员工的责权利，在此基础上实行定员、定岗、定薪、定绩效、定目标的责任管理。此项改革，打破原来靠打考勤、做登记人管人模式，取而代之的是制度管人、岗位管人、效益管人的规范管理。
集团还面向供需链采用ERP系统，将制造中心等生产单位分成8个核算单元，合并原先的两个制剂车间，用计算机集成系统单独对其进行成本、效益核算，并与个人薪资收入紧密挂钩，节约了生产成本，提升了生产效率。
为落实“效率优先”的要求，2001年5月，白药集团摒弃以往“公平为主”的传统工资制度和考核方式，建立以“效率优先、兼顾公平”以及以“薪点”为基础的岗位技能工资制，构建了以关键核心领域和关键业绩指标为主线的公司绩效考核体系。据集团党委书记戚太云介绍，薪点“工资制”是通过科学测评确定不同岗位的“薪点”后，再通过全方位考核，以工作效能的高低、工作质量的优劣，决定同样岗位不同员工的薪资水平。
首席制确保技术创新2000年，云南白药构建了以“首席科学家制”为核心的研发运作体系。它将科研人员的个人收益与研究成果紧密挂钩，采取成果共享分配方式及多项奖励制度。云南白药设立了阶段成果奖、子项目成果奖、项目及时终止避开风险奖励、项目开支节约奖励、项目提前完成奖励及项目完成成果奖，并对具有重大贡献的首席科学家和项目组成员予以重奖。这些奖励制度最大限度地调动了科研人员的工作积极性和创造性。作为科研项目的带头人，首席科学家不仅负责科研方案的制定与实施，而且享有人、财、物权。集团管理部门只负责监督和提供后勤服务。
此外，集团建立了社会化、开放式的科研开发体系，最大化地利用社会资源，成功实施了借智借脑战略。集团研究院先后与北京、上海等十余家高等科研院所结成了紧密合作伙伴，共同攻克了20多个长期困扰和阻碍市场拓宽的技术问题。
云南白药集团对自己掌握的制药核心技术始终秘而不宣，以确保企业持续发展后劲。目前已有17个具有独立知识产权的处方药在研。此外，集团还介入了急救包和化妆品领域，有效拓展了白药系列产品的治疗和保健等功能。
ERP实现营销创新1999年以来，国内医药经济进入急剧变革转型时期，GMP、
GSP认证导致了行业集中度的进一步加剧，另一方面，随着国家对医药市场的关注与调控力度的加大，以及医院招投标、药价大幅降低、抗生素限售等举措的出台，导致了市场环境的竞争加剧。面对这一现实，云南白药集团从市场拓展、营销方式上不断创新。
为进一步拓展市场空间，1999年12月，公司投资3000万元组建云南白药集团医药电子商务有限公司，构建了覆盖全国的营销服务网络，并推出内部创业机制。集团通过全国公开竞聘，选拔了数百名具备医药专业知识、市场开拓能力、销售管理经验丰富的精英，在全国范围内建立分公司，对医院、药店以及乡镇卫生院所进行直接的营销服务工作。
为适应外部环境的变化，强化公司核心竞争力，2005年底，白药集团彻底打破原有格局，进行企业资源100％围绕市场全新配置的新一轮变革。集团形成组织扁平化，管理信息化，商务与终端分离，强化终端，内部创业机制下移至终端创业平台等全新组织构架。
白药集团还采用国际流行的“虚拟企业”运作模式，组建上海云南白药透皮技术有限公司，专司云南白药膏和云南白药创可贴两个品种的市场拓展。2003年白药创可贴在无锡正式投产，当年销售收入4000万元，2005年达到1．3亿元，2006年一季度的销售额同比增长约1倍，使生产、销售和利润得到快速增长。
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