领导运筹活动中的每一个对象，都不是孤立的，它既在自己的系统之内，又与其它各系统发生各种形式的联系。因此，为了达到现代化领导的优化目标，就必须运用系统理论，对领导活动进行充分的系统分析，这就是领导运筹活动中的系统原理。每一个组织本身是一个系统，它由决策系统、指挥系统、监督系统、咨询系统等子系统组成，并且还要和外界的众多系统发生关系。系统具有整体性、目的性和层次性三个特征。整体性是系统的最重要的特点。古希腊的亚里士多德说：整体大于部分之和。整体性要求领导者必须有全局的观点，必须有一个系统的运筹规划，必须有一个考虑尽可能多的因素的模式。头痛医头、脚痛医脚的办法，挖东墙、补西墙的办法，都是现代领导的大忌。美国的阿波罗计划是系统的整体性应用成功的极好例证。阿波罗计划中没有日本造不出的东西，但作为整体的计划、设计和运筹方面，日本达不到美国的水平。一个系统通常只能有一个目的，如果有多个目的，必然在人、财、物、时间、信息和各方面相互干扰，而达不到优化。因此，领导者在运筹时应围绕一个中心目的。任何复杂的系统都有一定的层次结构。系统之间的运动能否有效，效率高低，很大程度上取决于能否分清层次。同一层次的各子系统之间的横的联系，应由各系统本身全权进行，只有它们不协调或发生矛盾时，才需要上一层次出现解决。也就是说：领导只做领导的事，各层做各层的事，这才是有效的领导。